Jan II Zygmunt Zápolya, ur. 7 lipca 1540 w Budzie, zm. 14 marca 1571 w Gyulafehérvár (obecnie Alba Iulia w Rumunii),  książę Siedmiogrodu, król Węgier.

Syn króla węgierskiego Jana Zápolyi oraz Izabeli Jagiellonki, córki króla Polski Zygmunta I Starego oraz królowej Bony.

Przeszedł na unitarianizm i był jedynym unitariańskim władcą w Europie. Za jego panowania siedmiogrodzki sejm w Torda w 1568 r. ogłosił zasadę całkowitej wolności sumienia i wyznania. W praktyce oznaczało to prawne zrównanie czterech wyznań: katolicyzmu, luteranizmu, kalwinizmu i unitarianizmu.